Cellprofilerを用いた共局在解析

GFPとRFPの共局在を数値化する必要があったので、CellProfilerを用いて解析することに。

MeasureColocalizationを用いて解析しようとしたが処理が激重。1枚に1分かかる。

計算する数値を絞ることに。

今回測定したいものは、細胞質に偏在しているタンパク質の一部が凝集体を形成しており、その凝集体と他のタンパク質の共局在である。

厄介なことに、細胞質全体にも蛍光があるため輝度値も含めたパラメータが欲しい。

検討の結果　Rank Weighted Colocalization coefficient（RWC）　を用いることにした。

詳しくはリンクを読めば良いが、簡単な説明としては、画像の輝度値をそれぞれランク付けし、共局在を観察したいチャンネル同士のランクの差を取っている。このため、輝度の情報が含まれた解析となる。

どうやらManderの計算が律速だったらしく1秒くらいで計算できるようになった。